Η είδηση του θανάτου του έγινε γνωστή στις 5:30 περίπου τα ξημερώματα της 28ης Ιανουαρίου 2008. Δεκαπέντε λεπτά νωρίτερα και ύστερα από επτά περίπου μήνες μάχης με την επάρατη νόσο, ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών, οδεύει προς την θριαμβεύουσα Εκκλησία.
Τα ξημερώματα της Δευτέρας, 28 Ιανουαρίου, ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος κυρός Χριστόδουλος αναπαύθηκε εν Κυρίω, βυθίζοντας τη χώρα μας σε τριήμερο Εθνικό πένθος.
Στις 7:20 το πρωί η σoρός του μακαριστού Αρχιεπισκόπου, μεταφέρετε από την αρχιεπισκοπική κατοικία στο λαϊκό νοσοκομείο Αθηνών προκειμένου να υποβληθεί σε νεκροψία. Εκεί, ομάδα κληρικών, ενέδυσε τον μακαριστό με τα Αρχιερατικά Άμφια.
Στη συνέχεια, η σορός του μακαριστού Αρχιεπισκόπου, μεταφέρθηκε στην Μητρόπολη Αθηνών όπου τέθηκε σε λαϊκό προσκύνημα.
Χριστοδούλου Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος, αιωνία η μνήμη.
